Theo Luật Tổ chức Cơ quan điều tra hình sự năm 2016, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an có 6 nhiệm vụ sau:[1]

1. Tổ chức công tác trực ban hình sự, tiếp nhận tố giác, tin báo về tội phạm, kiến nghị khởi tố; phân loại và trực tiếp giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm, kiến nghị khởi tố thuộc thẩm quyền giải quyết của mình hoặc chuyển ngay đến cơ quan có thẩm quyền để giải quyết.
2. Tiến hành điều tra vụ án hình sự về các tội phạm đặc biệt nghiêm trọng, phức tạp, liên quan đến nhiều tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương hoặc có yếu tố nước ngoài thuộc thẩm quyền điều tra của Cơ quan An ninh Điều tra Công an cấp tỉnh nếu xét thấy cần trực tiếp Điều tra; vụ án đặc biệt nghiêm trọng thuộc thẩm quyền điều tra của Cơ quan An ninh điều tra của Công an nhân dân do Hội đồng Thẩm phán Tòa án nhân dân tối cao hủy để điều tra lại.
3. Hướng dẫn, chỉ đạo nghiệp vụ Điều tra và kiểm tra việc chấp hành pháp luật, nghiệp vụ trong hoạt động Điều tra, xử lý tội phạm của Cơ quan An ninh Điều tra Công an cấp tỉnh; hướng dẫn các cơ quan của lực lượng An ninh nhân dân thuộc Công an nhân dân được giao nhiệm vụ tiến hành một số hoạt động Điều tra thực hiện hoạt động Điều tra.
4. Kiến nghị với cơ quan, tổ chức hữu quan áp dụng biện pháp khắc phục nguyên nhân, điều kiện làm phát sinh tội phạm.
5. Tổ chức sơ kết, tổng kết công tác tiếp nhận, giải quyết tố giác, tin báo về tội phạm, kiến nghị khởi tố và công tác điều tra, xử lý tội phạm trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của Cơ quan An ninh Điều tra của Công an nhân dân.
6. Giải quyết khiếu nại, tố cáo theo quy định của Bộ luật tố tụng hình sự.